La ciudad de Antofagasta fue fundada por el gobierno boliviano en 1868. Desde antes de ese año era un puerto de desembarque y un lugar de refugio y descanso sobre la costa boliviana para los exploradores chilenos. Previamente al poblamiento del lugar, Juan López, quien es considerado en Chile el primer habitante de la ciudad, se instaló en el sector de Peña Blanca, hoy conocido como La Chimba, donde comenzó la extracción de minerales de manera precaria. El 18 de septiembre de 1866, José Santos Ossa y Francisco Puelma lograron la adjudicación de la concesión de terrenos salitrales, tras una solicitud enviada al gobierno boliviano. Los mineros chilenos descubrieron ricos depósitos de salitre (nitrato) en el sector de Salar del Carmen, al oriente de la actual Antofagasta, y acordaron formar una Sociedad Exploradora del Desierto de Atacama. Tras la conformación de la compañía, comenzó a poblarse lo que se denominó La Chimba, en noviembre de ese año. El 19 de marzo de 1868 se constituyó la Compañía Melbourne Clark, tras la integración de intereses chilenos e ingleses. Tras el terremoto del 13 de agosto, fue necesario reconocer legalmente a La Chimba como un poblado minero, por lo que el 27 de ese mes, el presidente de Bolivia Mariano Melgarejo encargó al prefecto del Departamento de Litoral su fundación oficial en el sector delimitado por los comisionados Hilario Ruiz y José Santos Prada.22 Así, el 22 de octubre se fundó oficialmente la población y el puerto bajo el nombre de La Chimba, según consta en el acta de fundación. Posteriormente la ciudad fue renombrada como Antofagasta. El primer plano oficial de la población y puerto de Antofagasta fue diseñado por José Santos Prada, el 14 de septiembre de 1869.23 En este documento, se delimitó el terreno de la Compañía Melbourne Clark, además de 17 manzanas y una plaza principal. El 8 de mayo de 1871, Antofagasta fue designada por el gobierno boliviano como Puerto Mayor, abierto al comercio de todo el mundo. El 25 de enero del año siguiente, tras una sesión dirigida por el subprefecto del Departamento de Mejillones Manuel Buitrago, se fundó la Municipalidad de Antofagasta, donde se conformó el Cuerpo de Agentes Municipales (posteriormente renombrado como Junta Municipal), integrado por dos alemanes, un inglés y seis chilenos.

En agosto de 1872, Quintín Quevedo llega a Antofagasta desde Valparaíso para derrocar al presidente boliviano de facto Agustín Morales, pero la expedición golpista es disuelta por el prefecto de Cobija. Quevedo, se refugia en la corbeta Esmeralda bajo el mando de Patricio Lynch, quien lo traslada al Perú. La falta de explicaciones de Chile a un supuesto apoyo a Quevedo impulsan a La Paz a firmar un tratado defensivo con Lima para salvaguardar los recursos de Antofagasta. El 27 de noviembre de 1873, la Compañía de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta firmó un contrato con el gobierno de Bolivia, que le autorizaba la explotación del mineral libre de derechos por 15 años. Este contrato no fue ratificado por el Congreso boliviano, que en ese entonces se encontraba analizando las negociaciones con Chile. En 1873 Bolivia firmó un tratado secreto con Perú para frenar el supuesto poderío de Chile y la hegemonía naval de este país en Sudamérica. Este hecho sería usado como argumento cinco años más tarde para que Chile desencadenara la Guerra del Pacífico. La alianza entre Perú y Bolivia prohibía a Bolivia la celebración de tratados de límites con Chile sin consultar al Perú. A pesar de ello, en 1874 Chile y Bolivia suscribieron el tratado de límites, que reemplazaba el de 1866. Uno de sus puntos era no imponer nuevos tributos a las personas, industrias y capitales chilenos durante 25 años. Para Bolivia, el contrato de 1873 entre el gobierno y la Compañía de Salitres aún no estaba vigente, ya que, de acuerdo a la constitución boliviana, debía ser aprobado por el congreso. Según la versión boliviana, el contrato con la compañía de salitres estaba incompleto, por lo que el congreso, para aprobar el contrato decide hacer efectivo en 1878 un impuesto de 10 centavos, que no infringía el tratado de 1874, porque el contrato aún no estaba vigente a esa fecha. Bolivia suspendió el impuesto por deferencia al gobierno de Chile, pero ante una nota del canciller chileno, se reactivó la ley del impuesto, y luego la anulación y el remate de la Compañía de Salitres. Ante un inminente conflicto con Chile, Bolivia decidió contar con el apoyo del pacto firmado con el Perú, que se hizo efectivo con la ocupación chilena de Antofagasta, el 14 de febrero de 1879. Según la versión chilena, el impuesto de los 10 centavos violaba el tratado de 1874 que establecía que no se debía imponer nuevos impuestos a las compañías chilenas que operaban en territorio boliviano. Ante la ruptura del tratado de límites por parte de Bolivia y la anulación del contrato de la Compañía de Salitres, Chile ocupa el territorio boliviano de Antofagasta, cuya soberanía había sido ratificada antes de 1866.

El 14 de febrero de 1879 las fuerzas militares chilenas al mando del coronel Emilio Sotomayor ocuparon el puerto boliviano de Antofagasta con el objetivo de impedir el remate de las pertenencias mineras de capitales chilenos, remate ordenado por el gobierno boliviano debido a que según este los chilenos no habían pagado el alza de impuestos decretado por el gobierno altiplánico. Las fuerzas chilenas con el apoyo de las fragatas blindadas Blanco Encalada y Cochrane y de la corbeta O'Higgins al tiempo que el Gobierno de Chile declaraba anulado el tratado de 1874. El prefecto boliviano Severino Zapata emitió una protesta y se asiló en el consulado peruano. Con esta primera acción militar se dio comienzo a la Guerra del Pacífico. Terminada la guerra, se firmó el Pacto de tregua entre Bolivia y Chile de 1884, el cual establece que el territorio comprendido entre el río Loa y el paralelo 23 quedaría bajo la administración de Chile, mientras que a Bolivia se le permitiría el acceso a los puertos de Arica y Antofagasta. Sin embargo, ambos tratados dejaron asuntos pendientes que fueron aclarados en dos tratados posteriores, el de Paz y Amistad de 1904 y el de Lima de 1929. El Tratado de Paz y Amistad entre Chile y Bolivia, suscrito el 20 de octubre de 1904 y promulgado el 21 de marzo del año siguiente, estableció las fronteras entre ambos países. El territorio de Antofagasta quedó dentro de Chile; a cambio, este país se comprometía a construir un ferrocarril que uniera Arica y La Paz, y concedía a Bolivia el libre tránsito de comercio a través de su territorio. Este tratado ha sido origen constante de tensiones diplomáticas durante el siglo XX y comienzos del siglo XXI, debido a que Bolivia perdió la completa soberanía sobre el océano Pacífico. El ferrocarril Chile-Bolivia, hoy denominado FCAB aún está en funciones.

Con el tratado de 1904 Antofagasta fue chilena. La llegada de chilenos se acrecentó, en especial de aquellos provenientes de las provincias del Norte Chico (las actuales regiones de Atacama y Coquimbo), hacia las nuevas provincias de Antofagasta y Tarapacá, el llamado Norte Grande. Nuevos pobladores llegaron también desde Europa (en especial españoles, croatas, ingleses y griegos) y desde China y los países árabes. Estos nuevos elementos junto a la cultura propia del altiplano creó la moderna cultura del Norte Grande, que presenta más elementos andinos y europeos que la propia del Valle Central. La Región de Antofagasta dependió, hasta la crisis de 1929, de la explotación y exportación de salitre. Cientos de oficinas salitreras nacieron en medio del desierto, y fueron abandonadas con posterioridad. La explotación de nitratos fue, posteriormente reemplazada por la explotación cuprífera. Capitales estadounidenses se establecieron en el interior y administraron la minería del cobre, hasta la Nacionalización, realizada por el gobierno de Salvador Allende.

La ciudad está ubicada en el hemisferio sur de América, a 23°38'39 S de latitud y 70°24'39 O de longitud, con una elevación media de 40 msnm. Limita al sur con Taltal y Diego de Almagro, al norte con Sierra Gorda, Mejillones y San Pedro de Atacama, al oeste con el océano Pacífico y al este con el Departamento Los Andes de Argentina. El límite norte de la comuna recorre una serie de hitos, siendo destacables (de oeste a este) Punta Lagartos, los cerros Negro, Valenzuela, Carrasco, Amarillo, Búfalo, Mastodonte, Mariposas, Cerrillos, Pingo, Pajonales y, finalmente, una parte de la pampa Piedra Pómez. En el límite sur destacan Punta Dos Reyes, loa cerros Paranal, Alto de Varas, Guanaco, Negro del Tolar, Punta del Viento, Varitas, Puntas Largas, San Rosendo y el Dos Hermanos. Fue declarada como una comuna parcialmente en zona fronteriza el 20 de julio de 1999, por el decreto supremo Nº 1.166 del Ministerio de Relaciones Exteriores. El área urbana de Antofagasta se presenta abruptamente entre el paisaje desértico y se encuentra ubicada en las planicies litorales, al sur de la península de Mejillones y al norte de Cerro Coloso. El Trópico de Capricornio coincide en el sector norte de la ciudad, fuera del radio urbano, donde se ubica el Aeropuerto Nacional Andrés Sabella Gálvez. Por esta razón el 21 de diciembre del 2000 se inauguró el Hito al Trópico de Capricornio. Posee escasa vegetación por estar inserta dentro del desierto de Atacama, el más árido del mundo.

 65 Bermúdez, O. Historia del salitre desde la Guerra del Pacífico, 1879 hasta la Revolución de 1891.